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彰基二林分院的前身為二林基督教醫院，位於彰化的西南隅。在50年代南彰化、北雲林沿海的民眾若欲就醫，皆需千里迢迢往沙鹿光田醫院或至彰化基督教醫院。當時交通極為不便，常因送醫時間耽擱，增加患者的痛苦或降低存活的機率。
台中中會的部份會友乃成立沿海傳道醫療團（簡稱中中醫療團）服務中部沿海民眾，最後決定在二林設立醫院，是第一間由台灣人自行設立之教會醫院。1964年11 月3日落成啟用，取代以往移動式的『沿海醫療中心』。但因謝緯醫師於1970年車禍身亡，後續又有醫師出國深造或自行開業，以至醫院自1975年後逐漸荒廢。
1980年彰化基督教醫院新任院長吳震春醫師認為讓二林基督教醫院荒廢是基督徒的恥辱。乃自當年12月1日接辦為彰化基督教醫院第一家分院，並予以整建規劃。秉持以耶穌基督救世博愛之精神，宣揚福音，服務世人作宗旨。執行老蘭醫師醫療、傳道、教育及服務的四大任務。以期達到四大願景。 (1)建立安全完整的健康照護體系。(2)成為全人關懷的醫療宣教中心。(3)提供以病人為中心的服務，並關懷社區與弱勢群體。(4)成為二林區醫療從業人員教育訓練的標竿醫院。以愛上帝、愛土地、愛人民及愛自己的彰基精神，用無私奉獻的價值觀作謙卑服務。
彰基二林分院建築物分為醫療大樓與宿舍大樓兩棟建築物，醫療大樓建坪約 1400 餘坪地上6層地下1層；宿舍大樓共有三處，可提供150名單身同仁住宿。設有內科、外科、婦產科、小兒科、…等 15 個科別，自1991年7月首次通過地區教學醫院評鑑。平均每日門診約1000人次。急診全年無休，每月平均約2500人次。住院除181張急性病床外，更有加護病房、隔離病房及洗腎床…等合計263床。2007年通過新制醫院評鑑『優等』，2008年取得區域醫院給付亦通過新制教學醫院評鑑。
南彰化、北雲林之間散佈著典型的農漁村落，因人口外移及少子化使此地區的老年化高達15%以上。依設院宗旨、政府未來醫療體系規劃及當地民眾的醫療需求，醫院擬定『醫安雙網三中心』為六大願景。(1)建立安全有品質的醫院。(2)強化急重症醫療：與彰基總院架構起急重症的照護網，提供民眾值得信賴的急重症照護。(3)建構社區健康照護網：做好社區民眾疾病預防及健康促進的工作。(4)發展長期照護服務：設立護理之家提升老人照護的品質。(5)教學研究資源整合中心。分享彰基總院的教學研究資源，提供基層醫療體系教育訓練，提升偏遠地區的醫療品質及水準。(6)二林區宣教事工整合中心：與二林區的教會機構整合推動宣揚福音服務世人的事工。成為一所服務好、品質佳、效率高的社區醫院。
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