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彰基二林分院的前身為二林基督教醫院，位於彰化的西南隅。在50年代彰化、雲林沿海的居民若患重病欲就醫，皆需千迢迢往沙鹿光田醫院或彰化基督教醫院。當時交通極為不便，常因送醫時間耽誤增加患者的痛苦。
台中中會的部份會友原先成立沿海傳道醫療團（簡稱中中醫療團）服務中部沿海民眾，最後在二林設立醫院。謝緯醫師為首任院長，是第一間由台灣人在台灣設立之教會醫院。1964年11 月3日落成啟用，取代以往移動式的『沿海醫療中心』。但因謝緯醫師於1970年6月17日由南投往二林看診途中車禍身亡。後續有醫師出國深造或自行開業，至使醫院自1975年後逐漸荒廢。
1980年7月彰化基督教醫院新任院長吳震春醫師，認為二林基督教醫院荒廢是基督徒的恥辱。乃自當年12月接辦成為彰化基督教醫院二林分院，並予以整建規劃。秉持以耶穌基督救世博愛之精神，宣揚福音，服務世人作宗旨。執行老蘭醫師揭諸的四大任務，醫療、傳道、教育及研究。以愛上帝、愛土地、愛人民及愛自己的彰基精神，用無私奉獻的價值觀作謙卑服務。
1991 年 7 月即通過地區教學醫院評鑑，持續至今。開設有內科系、外科系、婦產科、小兒科、骨科、新陳代謝科、泌尿科、耳鼻喉科、皮膚科、眼科、家庭醫學科、牙科、復健科、…等 15 個科別。為方便民眾就醫，亦提供夜間門診服務，急診則全年無休﹔住院部份除一般急性病房外，更有加護病房、隔離病房及洗腎床…等業務。南彰化、北雲林之間散佈著典型的農漁村落，人口外移加快此地區的人口┤高齡化。配合政府未來醫療體系規劃及當地民眾的醫療需求。
彰基二林分院目前為269床的地區教學醫院，有369位員工。建坪約 1400 餘坪，建築物分為醫療大樓與宿舍大樓兩棟建築物，醫療大樓地上 6 層地下 1 層，宿舍大樓共五樓，提供單身醫護行政同仁住宿，約可住宿 150 人。
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